Om en kronisk inflammation är ett samspel mellan celler som har anpassat sig till en ny miljö så krävs det man försöker återställa miljön. Förändringarna som sker i cellerna handlar till stor del om att enzymer i cellernas mitokondrier är känsliga för irritanter. Utsätts de för en irritant så ser cellen denna som ett hot och cellen aktiveras (gör sig redo för strid). Det är aktiverade celler som påverkar miljön, både för att de konkurrerar om vissa råvaror och för att de producerar ämnen som påverkar andra celler (signalmolekyler). 

Syftet med Citronprotokollet™ är att förändra eller störa miljön som håller inflammationen aktiv och det sker genom en fas som vi kallar Citronifiering eller man kan se det som en  transformation. Under denna process blir protokollet en del av inflammationen men fungerar ungefär som en trojansk häst. De olika ämnena som ingår i protokollet tas upp av cellerna och stör de mekanismer som behövs för att cellerna ska vara aktiverade och hur de kommunicerar med varandra. När de inte kan aktiveras påverkas i sin till miljön som förhoppningsvis börjar normaliseras. 

Efter Citronifieringen där samspelet mellan celler störs kommer nästa fas som är Normalisering, vilket kan ses som en fas för självläkning. Här börjar immun- och vävnadshomeostasen att bli mer normal. Det är under denna fas som man som regel märker förbättringar och det kan gå relativt snabbt. Det är lång ifrån ovanligt att man får de första indikationerna inom cirka tio dagar men det varierar beroende på vilka vävnader i kroppen som är påverkade och vilken grad av immuninfiltration det är i dessa vävnader. Normaliseringen är oavsett snabba förbättringar något som måste ta sin tid och man bör därför fortsätta med Citronprotokollet™ tills man känner att läget har varit stabilt. Därefter kan man på försök minska till enbart morgondosen av produkterna. Om du återintroduceras olika livsmedel du har undvikit innan så fortsätt med protokollet under den tiden för att hjälpa till med en mjukare övergång.